Laboratorium Klinik Utama Khatulistiwa berdiri pada tanggal 16 juli tahun 1998 di Jl.  Jend Achmad Yani No.100-102 Balikpapan dengan luas 150 m2, adapun timbulnya ide untuk mendirikan Laboratorium ini berawal dari idealisme untuk dapat memberikan Pelayanan Pemeriksaan Laboratorium yang BERMUTU dan dapat dipercaya dalam melayani masyarakat sekitarnya, dengan berjalannya waktu jumlah pengguna layanan di Laboratorium Klinik Utama Khatulistiwa makin bertambah, kepercayaan masyarakat terhadap pelayanan yang baik serta permintaan bermacam-macam jenis pemeriksaan merupakan tantangan bagi kami untuk mengembangkan pelayanan tidak hanya di bidang diagnostik laboratorium tapi juga pelayanan di bidang non diagnostik al : Pemeriksaan Fisik, Radiologi, USG, Audiometri, EKG, Spirometri.

Untuk memenuhi hal tersebut diatas maka Laboratorium Klinik Utama Khatulistiwa melakukan penambahan luas bangunan menjadi 300 m2. Pengembangan pelayanan khususnya di bidang laboratorium dilaksanakan dengan penambahan peralatan peralatan Laboratorium, sehingga jenis pemeriksaan juga semakin bertambah dan lengkap.
Saat ini laboratorium klinik khatulistiwa telah memperoleh ISO 9001 : 2008
Laboratorium Klinik Utama Khatulistiwa didirikan berdasarkan Akte Notaris no : 25. tanggal 25 November 1997 dalam bentuk CV.Khatulistiwa yang beralamat di :
Jl. Jend Achmad Yani No.100-102 .Balikpapan – 76121 . Kalimantan Timur
Sedangkan Izin Operasional diterbitkan oleh Dinas Kesehatan Kotamadya Balikpapan dengan No.028 /382 /IZIN /OPRS / 2007 , tanggal 21 Maret 2007.